Berlangsung selama 3 tahun hingga 1961
Sebanyak 22.174 jiwa jadi korban 4.360 orang luka-luka, dan 8.072 orang menjadi tawanan.
3. Pembantaian Massal 1965-1966
Peristiwa ini diawali dengan penculikan dan pembunuhan para jenderal pada 30 September 1965 (G305).
Pembantaian massal dilakukan terhadap orang-orang yang dituduh komunis atau berafilia dengan PKI.
Diperkirakan lebih dari 500.000 orang tewas dan ratusan ribu lainnya ditahan tanpa proses hukum.
4. PENEMBAKAN MISTERIUS (PETRUS)
Operasi petrus terjadi sejak 1982-1985, yang disinyalir jadi upaya "penertiban" sosial menggunakan kekerasan negara. Ribuan orang yang dicap sebagai preman, jadi korban penembakan di luar pengadilan.
Peristiwa ini masuk daftar pelanggaran HAM berat berdasarkan Keputusan Presiden (Keppres) Nomor 17 Tahun 2022.
Keppres diteken oleh Presiden Joko Widodo poda 26 Agustus 2022
5. PENGHILANGAN PAKSA AKTIVIS 1997-1998.
Sebanyak 22 orang diculik oleh Tim Mawar bentukion Komando Pasukan Khusus (Kopassus) pada masa Orde Baru.
Sembilan korban berhasil kembali dari penculikan, lalu 13 korban masih hilang dan belum dikembalikan hingga sekarang.
Pada 2006. Komnas HAM merekomendasikan pembentukan pengadilan HAM khusus untuk menyelesaikan kasus tersebut. Namun, rekomendasi itu masih belum dilaksanakan.