Kontroversi juga muncul terkait pembengkakan biaya proyek yang cukup besar. Sebelumnya, berdasarkan perhitungan dan review BPKP pada 9 Maret 2022, pembengkakan biaya pembangunan proyek hanya sebesar US$1,17 miliar atau Rp17,64 triliun.
Namun, dalam kajian BPKP terbaru yang dikeluarkan 15 September 2022, pembengkakan biaya itu naik US$273,03 juta menjadi US$1,449 miliar atau Rp21,74 triliun (asumsi kurs Rp15 ribu per dolar AS).***